La malnutrizione in Rwanda è una delle principali cause di mortalità infantile e colpisce più del 25% dei bambini di età inferiore ai 5 anni.
Le forme più gravi di malnutrizione sono rappresentate dal marasma e dal kwashiorkor, che rispecchiano le gravi carenze alimentari, in particolare di proteine, alimenti energetici e vitamine. A Gatare esiste per tale motivo un Centro Nutrizionale, in cui si trattano i pazienti più gravi, con terapie mediche, con miscele di sostanze disponibili sul posto (ad esempio il SO.SO.MA, miscela di farine di sorgo, soja e mais), e appena le condizioni lo rendono possibile, con l’apporto adeguato di proteine (quelle disponibili a costi più accessibili, sono rappresentate dai fagioli). Per tale ragione, oltre al trattamento medico dei casi gravi, si attua presso la Missione una politica preventiva, accogliendo il maggior numero possibile di bambini della zona presso la scuola materna, dove vengono forniti 2 pasti giornalieri (merenda, pranzo), con adeguato apporto alimentare,  per contenere il più possibile gli effetti della malnutrizione.